1864. május 14-én Devecseren született. Szülei kisnemesek voltak. A gimnáziumot Győrben végezte el. Szintén Győrben, a jogakadémián kezdte meg jogi tanulmányait, később a budapesti egyetemen, majd 1885–86-ban a berlini egyetemen is tanult. Jogtudományi és államtudományi doktori oklevelét 1887-ben vette át Budapesten. Ezt követően előbb ítélőtáblai segédfogalmazó lett, majd 1891-től az Igazságügyi Minisztérium törvényelőkészítő osztályán dolgozott. 1897–1900 között ítélőtáblai bíró.
Egyetemi oktatói tevékenységét 1888-ban kezdte meg. Büntetőjogot és büntetőeljárást oktat, ekkor még magántanárként, később a büntetőjog rendes tanára lesz. 1903-1904-ben ő a jogi kar dékánja. 1910 és 1913 között politikai államtitkár a Vallás- és Közoktatásügyi Minisztériumban. 1913. január 4-től 1917. június 15-ig igazságügyminiszter.
1901-től levelező, majd 1912-től, rendes tagja a Magyar Tudományos Akadémiának, melynek 1920 és 1935 között főtitkára is.
1910-1918 között marosújvári választókerület országgyűlési képviselője, 1927 és 1945 között felsőházi tag.
Tudományos pályáján, a börtönüggyel, a bűnmegelőzéssel, kriminológiai kérdésekkel, a visszaesés témakörével, illetve a fiatalkorúakkal foglalkozott elsősorban. Műveinek legnagyobb részét az 1800-as évek végétől politikai karrierjének kezdetéig, azaz 1910-ig publikálta.
Munkásságával meghatározó szerepet játszott a hazai büntetőjog-tudomány megreformálásában. A fiatalkorúakkal kapcsolatos nézetei a mai napig helytállóak.
1953. február 15-én, Budapesten hunyt el. Kérésére –a farkasréti temetőben történt búcsúztatása után – koporsóját a bőnyrétalapi temetőben helyezték végső nyugalomra.
- Estók József: A magyar börtönügy arcképcsarnoka. Balogh Jenő (1864-1953) Börtönügyi Szemle, (3), pp. 123–126.
- Antal Tamás: A Magyar Királyi Igazságügyminisztérium története : (1867-1944/45) / Antal Tamás. - Szeged : Iusperitus, 2022. - 216 p. : ill. ; 24 cm.
- Stipta István: Balogh Jenő, az igazságügy református minisztere / Stipta István. In: Jogtörténeti Szemle, 4. sz. (2017.) p.40-45
- Bódiné Beliznai Kinga: Balogh Jenő életútja (1864-1953) / Bódiné Beliznai Kinga. In: Jogtörténeti Szemle, 1. sz. (2016.) p.1-9
- Kónyáné Kutrucz Katalin: Balogh Jenő : 1864-1953 / Kónyáné Kutrucz Katalin. In: Balogh Jenő emlékkötet : válogatás Balogh Jenő műveiből. . - Budapest : MTA M. Kriminológiai Társ., 1988 - Budapest : IM Bv. Háziny.. - p. 3-7.
