1845-ben született Nagyszombat városában, városi tanácsnok fiaként. A szülővárosában, az érseki főgimnáziumban végzett tanulmányokat követően először Pozsonyban, majd Pesten hallgatott jog- és államtudományokat. Az ezt követő években fokozatosan lépkedett előre a ranglétrán: 1865-ben a pesti királyi ítélőtáblánál tábla joggyakornokká nevezték ki, 1867-ben ügyvédi oklevelet, majd kúriai fogalmazói pozíciót kapott, 1871-ben jogi doktor, végül 1872-ben pesti törvényszéki bíró lett. Időközben megházasodott, felesége Langheinreich Henriette.

Nem elégedett meg a jogi pályán elért sikerekkel: a politikai életben is aktívan részt vett. 1875-ben a nagyszombati választókerületben országgyűlési képviselői mandátumot nyert a Szabadelvű Párt színeiben. Komoly támogatója volt a polgári igazságszolgáltatás reformjának. 1880. április 23-án tartott képviselőházi beszédében a polgári igazságszolgáltatás végleges reformja előmunkálatának megindítását sürgette. Beszédének hatására a képviselők ennek megindítása mellett határoztak. Képviselői tevékenysége mellett ügyvédként is aktív volt a fővárosban, főleg büntető ügyekkel foglalkozott. 1887-ig tartotta meg a mandátumát, utána ismét visszatért a bírói hivatáshoz, táblai, majd kúriai bíróvá nevezték ki.

1896-ban ismét elindult a választásokon és újra a nagyszombati kerület szabadelvű képviselője lett. A Képviselőházban a felirati és az igazságügyi bizottság tagjaként is tevékenykedett. 1898-ban egy nézeteltérést követően otthagyta a pártját és felhagyott az aktív politizálással. A Fővárosi Közmunkatanács tagja is volt, valamint háromszor javasolták főpolgármesternek is.

Tudományos tevékenysége is számottevő volt. Egyik alapítója és első elnöke lett a Filozófiai Társaságnak. Elsősorban a polgári és büntető igazságszolgáltatás kérdései foglalkoztatták, a polgári eljárásjog körében számos elméleti és gyakorlati kérdést dolgozott ki. Nagyszámú tudományos művet írt, írásai főleg a Jogtudományi Közlönyben jelentek meg. Kedves eszméje volt a francia référé, az úgynevezett sürgősségi eljárás átültetése is. Tudományos értekezésben ismertette meg az intézményt (A référé-rendszer s magyar alkalmazása. Felolvastatott a Jogászegylet 1887. márczius 31.-én tartott teljes-ülésében. Magyar Jogászegyleti Értekezések. 1887. IV. .évf. 35.szám, p.1-69.), törvénytervezetet is készített róla (A magyar sürgősségi eljárás tervezetének szövege és magyarázata / Emmer Kornél. In: Jogtudományi közlöny. - 22.évf. 15.sz. (1887.) – végül nem sikerült az eljárást a magyar joggyakorlatba átültetni.

1910. július 19-én hunyt el Bécsben, Döblingben helyezték végső nyugalomra. Halála után, 1911-ben jelent meg a Magyar Jogászegylet kiadásában az Emmer Kornél beszédei és dolgozatai című két kötet, mely csaknem ezer oldalon át közli írásait. Könyvtárát a budapesti egyetemi könyvtárra hagyományozta.