Baintner János a történelmi Magyarország területén született Liptóújváron, 1815. január 15-én. Foglalkozását tekintve bíró, egyetemi tanár volt. Középiskolai tanulmányait Rozsnyón, Miskolcon és Lőcsén végezte. Már középiskolai évei alatt felismerte, hogy a jogi pályára szeretne lépni. Döntésében jelentős szerepet játszott Frank Ignácz jogász, egyetemi professzor, akinek nagy tisztelője volt. A bölcsészeti tanulmányait már 15 éves korában, 1830-ban megkezdte, aminek befejezésével jogi pályára lépett 1832-ben és jogi diplomáját 1835-ben szerezte meg a budapesti egyetemen. Ezután jogi szakmai gyakorlaton vett részt a királyi táblán 1836–38-ig jegyzőként. 1838-ban ügyvéd, egy évvel később a jogtudományok doktora lett. Miután több előkelő családnál jogtanító volt, 1841. április 10.-től Eszterházy herceg uradalmi igazgatóságához, mint jogügyi előadó és titkár nyert felvételt, ahol egészen 1848-ig dolgozott. 1848-tól a pozsonyi jogakadémia tanára, ahol állam, bánya, és kereskedelmi jogot tanított, illetve 1850-től 1861-ig a jogakadémia igazgatói pozícióját töltötte be. 1854 és 1862 között különböző tisztségekben (bíró, helytartótanácsi tanácsos és tanügyi osztály vezetője) dolgozott Pozsonyban és Pesten. 1855-ben az úrbéri törvényszék ülnökévé és előadójává, 1856-ban pedig a pozsonyi földtehermentesítési bizottság tagjává választották meg. 1861-ben a magyar királyi helytartósági tanácsosává nevezték ki. 1862-től 1880-ig a budapesti egyetemen tanított osztrák polgári jogot, közben 1863-tól 1869-ig a hétszemélyes tábla szavazóbírája volt. Jelentős szerepet játszott a magyar nyelvű jogi felsőoktatás (jogakadémiai és egyetemi) megteremtésében, a magyar nyelvi állam- és jogtudományi szakirodalom kialakításában.

A Magyar Tudományos Akadémia 1865. december 10.-én választotta meg levelező tagjává. 1866-1868 között több alkalommal is írt jogtudományi értekezéseket a Jogtudományi Közlönybe. Egyik kiemelkedő publikációja 1868-ban jelent meg Vélemény az egyetemi tantervre nézve a Jog- és Államtudományi Karon címmel. 1878. decemberében a jogtudományok államvizsgáló bizottságának elnöke lett. 1880-tól, nyugdíjazása után pusztaberki birtokára vonult vissza, ahol 1881. augusztus 14-én, 66 éves korában hunyt el.