Apáthy István 1829. augusztus 29-én született Hidjapusztán, Tolna megyében. Édesapja gazdatiszti szolgálatot teljesített az akkori szabadelvű ellenzék szónoka, Bezerédj István országgyűlési képviselő mellett. Fia, ifj. Apáthy István zoológusként a magyar és a nemzetközi biológiai tudomány meghatározó alakja volt. Nagykanizsán végezte gimnáziumi tanulmányait kiváló eredménnyel, ezt követően két évet töltött a kecskeméti piaristáknál, mint novícius. Fiatalkorát meghatározta neveltetéséből adódóan a szerzetesi élet iránti elhivatottság, a hazaszeretet, az ország szolgálata, valamint a katolikus hit. Részt vett az 1848-49-es forradalom és szabadságharcban, ahol főhadnagyi rangot ért el. A világosi fegyverletételt követően menekülésre, bujdosásra kényszerült.

Jogi tanulmányait Pesten végezte, 1857-ben jogi doktori címet szerzett. Az ügyvédi vizsgát 1859-ben tette le, ügyvédi pályája tíz éven át tartott. 1869-től a Jogtudományi Közlöny munkatársa volt. 1870-ben a pesti egyetemen a kereskedelmi jog, a váltójog és a tételes nemzetközi jog nyilvános tanárává nevezték ki. Tanári munkájának elismeréséül megkapta a harmadosztályú vaskorona rendet, illetve a jogi kar dékáni címét. Egyetemi oktatóként nagy tiszteletet érdemelt ki.1874-ben királyi tanácsos címet kapott. 1889-ben a Budapesti Szemlében tette közzé véleményét és meglátásait a közoktatásról, valamint a jogi oktatásról. A hangsúlyt a tanszabadságra, a diákok érdekeire helyezte. Fontosnak tartotta, hogy a hallgatók a jogtudomány tárgyait tudományos szinten sajátítsák el. A modern oktatási eszméket tartotta követendő példának.

A kereskedelem és a hitelügy területén 1840-1870 között végbement változások arra sarkallták Apáthy Istvánt, hogy 1868-69-ben a Budapesti Ügyvéd Egyletben a magyar váltójog elveinek megtárgyalását indítványozza, melyek megfogalmazásában jelentős szerepet vállalt. 1873-ban Pauler Tivadar igazságügy-miniszter megbízására elkészítette a váltótörvény és a csődtörvény tervezetét. A magánjogi törvény tervezetének kötelmi része szintén Apáthy munkájának eredménye. Jogirodalmi tevékenységének első fő műve a Váltójogtan címet viseli, mely 1870-ben jelent meg Pesten. Több igen fontos törvény megalkotásában vállalt nagy szerepet, ami törvényszerkesztői képességének, kiváló gyakorlati érzékének köszönhető. „Vitán felül álló nemzeti elkötelezettsége ellenére nem a régi jogintézmények megőrzésében látta a magyar jogtudomány feladatát. Úgy fogalmazott, hogy „nem avult, vagy hiányossá vált jogi intézményeink féltékeny megőrzése, hanem azok korszerű megreformálása képezi létünk feltételét.” Azaz Apáthy István a megújulva megmaradás tétele mellett kötelezte el magát.” (Szabó Marcel: Apáthy István) A kereskedelmi jog, a magyar kereskedelmi törvény alapján című munkája, amit 1876-ban írt, elnyerte a Magyar Tudományos Akadémia nagydíját.

A nemzetközi közjogban is maradandót alkotott. A Tételes európai nemzetközi jog című tankönyvében elsőként fogalmazta meg magyar nyelven a nemzetközi jog szabályait. „Apáthy István igazi humanistaként közelített a nemzetközi joghoz. Vallotta, hogy a „közös emberi természet azon általános kapocs, mely a nemzeteket az emberiség összességében egyesíti. A tudományos dialógusban rendkívül igényes volt, és még a névtelenül megfogalmazott kritikákra is pontos, precíz válasszal állt elő a Jogtudományi Közlöny hasábjain.” (Szabó Marcel) Tudományos munkásságának elismeréseként a Magyar Tudományos Akadémia 1873. május 21-én levelező, majd 1884. június 5-én a Bölcsészeti, Társadalmi és Történeti Tudományok Osztályának rendes tagjává választotta. 1878-1889 között a szabadelvű párt színeiben a letenyei kerület országgyűlési képviselője volt. Az igazságügyi bizottság tagjaként, és később elnökeként is tevékenykedett. „Apáthy Istvánt élete vége felé szívbetegsége hosszú időre szobájához kötötte. Élete utolsó napjáig termékeny tudományos tevékenységet és aktív levelezést folytatott, és szakadatlanul publikált újabb és újabb fontos jogtudományi esszéket, az utolsó pillanatig nem adta fel a segítő cselekvés és az elkötelezett tenni vágyás eszméjét.” (Szabó Marcel)